2000年，在台湾地区领导人的选举中，国民党惨败，丢掉了在台湾地区执掌51年的政权。国民党此次遭到的重创，与李登辉上台后实行的削弱、分化、瓦解国民党以及鼓吹“两国论”、推行“台独”路线有着密切的关系。最新出版的《国民党下台内幕》一书，对此作了详细的的记述与剖析。
独揽党政大权
蒋经国统治国民党13年，用过4位搭档，分别是“副总统”谢东闵、李登辉，“行政院长”孙运璇、俞国华。4人中，用谢，是为贯彻任用台籍干部政策；用俞，则是安抚对政治改革不满的元老派和保守派；蒋经国有意培养接班的则是孙运璇、李登辉。
蒋经国相中的第一位接班人是孙运璇。作为一位专业电力技术人员，孙运璇曾在日本投降后来到台湾接收电力系统。孙运璇在电力部门卓有成效的工作，深受蒋家父子的欣赏。1967年，他参加的援助非洲电力工业的合同期满时，台湾当局任命他为“交通部长”，3年后转任“经济部长”。蒋经国当上“总统”后，孙运璇升任“行政院长”。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固
1984年2月15日召开的国民党十二届二中全会上，蒋经国正式把李登辉定为“副总统”。这一决定导致几十年来孙运璇对蒋经国的忠诚、蒋经国对他的信任顿时全消。会议开完不到10天，2月24日，孙运璇突患脑溢血，从此退出政坛。
蒋经国相中的另一位继位者是李登辉。李登辉获得的学位有台湾最高学府台湾大学农经系学士和美国康乃尔大学农业经济学博士。1972年6月，自在美国获奖以来一直忙于各种岛内外学术活动的李登辉，一步跨入“行政院”，出任“政务委员”。1978年6月，蒋经国就职“总统”后，又把李登辉调任官场最敏感的台北市市长，1981年12月调任“台湾省主席”，1984年3月出任“副总统”。
1988年1月13日，79岁的蒋经国因病去世。当天晚上8时零8分，“副总统”李登辉宣誓就任“第七届总统”。
李登辉的祖先曾生活在祖国大陆福建永定地区，在清代中叶时移民前往台湾桃园县龙潭乡三河村，后定居在台北县淡水三芝乡埔坪村埔头坑154号。令人遗憾的是，他出生在中国，却对一个中国原则有着刻骨的仇恨，坚持要把中国的台湾地区分裂出去。
李登辉生于1923年1月15日，先是在日本控制下的学校学习，后在日本京都大学学习，基本接受的是日本教育。正如他在与司马辽太郎对谈时承认他“22岁以前是日本人”。他具有强烈的“皇民化意识”，表现为：一是接受了军国主义者疯狂的自大心理；二是在此基础上经过时间的历练变成对中国的敌视；三是保留有殖民者的劣根性。
李登辉接任“总统”时，“行政权”掌握在“行政院长”俞国华手中，“党权”掌握在中央党部秘书长李焕手中，“军权”掌握在“参谋总长”郝柏村手中，“国安会”掌握在“国安会秘书长”蒋纬国手中。面对蒋经国留下的“接班四人帮”，李登辉从削弱国民党实力考虑，首要之举是出任党主席，巩固自己在党内的地位。为此，上台初期的李登辉审时度势，表示国民党将继续执行蒋经国的既定方针，于是他一一登门造访诸位党内有影响的人士，换取党内元老派的支持。
李登辉最为担心的是亲蒋势力。亲蒋势力为阻止党内和社会上立即出现政治转向风，有意限制他的权力，阻止其出任党主席。以宋美龄为首的亲蒋派，准备以历史上党政分开的惯例来实现不让李登辉出任党主席的目的，并且寄希望于由“行政院长”俞国华代理国民党主席。而李登辉及亲李派非常清醒，李本人资历浅薄、资本不足，没有本钱搞党政分开，如果不任党主席，只是个被架空的“空头总统”，被更换下台只是时间问题。双方准备在决定李登辉出任代理党主席问题上一拼高低。
1988年1月19日晚，宋美龄给李焕送来一封亲笔信。信中借元老级中评委陈立夫建议，应该考虑集体领导模式。26日晚，俞国华本人也接到蒋经国的三儿子蒋孝勇的电话，转达宋美龄的意见，并建议推选党主席推迟到预定于7月7日召开的第十三次代表大会进行。
俞国华立即与主管党务的李焕进行会商。两人经过与关键的中常委联系后，决定按原定计划推选李登辉代理党主席。人们当时只是觉得李登辉没有过大的危害性，选李也无妨。而宋美龄的干涉，实质助长了“拥李风”。中常会按计划于1月27日召开。李登辉请假，共有27名中常委与会。上午8点，会议正常召开，直到9点，会议因为进行其他议程，推举代理党主席还没有人提出。此时，有一个人跳了出来，为李登辉劝进，这就是宋楚瑜。
宋楚瑜，祖籍湖南湘潭，其父曾在蒋介石手下服务多年，本人为美国乔治城大学政治系博士，1974年返台后不久出任蒋经国的英文秘书，以后官职直线上升，1979年出任“新闻局局长”，1984年出任国民党中央文化工作会主任，蒋经国去世前夕转任中央党部副秘书长。宋楚瑜是蒋经国挑选的青年才俊中的代表人物，深获蒋经国的信任和重用，他的见解和取舍引人注目。 宋楚瑜身为中央党部副秘书长，在中常会上只有列席权，如果不被点名则不能发言，对于宋楚瑜的唐突行为，与会者感到惊讶，作为会议主席的余纪忠出于礼貌同意宋讲话。宋楚瑜陈述推党主席案如不提出，“对党、对国伤害一天大过一天”、“多拖一天，多对不起经国先生一天”，然后愤然退席，留下在场中常委一片愕然。他的发言，等于把全体中常委逼到只有同意李登辉出任代理党主席的边缘。结果会议一致同意李登辉出任国民党代主席。
“代理党主席之争”的实质是权力之争，是失去蒋经国后的蒋家势力还想卷土重来，控制国民党。但是，蒋经国信任的亲信纷纷背叛而去，无力再战，结果轻而易举地被蒋经国所挑选的“接班者”李登辉所击败。李登辉也趁机打击自己上台后的最大威胁———蒋家势力。“代理党主席之争”，揭开了李登辉上台后国民党内斗争的序幕，也成为李登辉削弱国民党的第一仗。
重组权力核心
李登辉抓到“总统”和代理党主席大权后，开始了巩固权力与政治清算的斗争。
台湾最高权力中心———“总统府”国民党第十三次代表大会，是国民党退据台湾近40年来面临重大政治转折和空前挑战的背景下召开的一次会议。李登辉的重点是如何实现权力中心的大转移，把权力中心由蒋家阵地转移到李家阵地。为此，他一是严把党代表关，出席会议的大部分代表必须是切断蒋家脐带、支持李登辉的人；二是严把中央委员关，李登辉通过对半数中央委员候选人的提名及操控选举，控制中央委员会的目的已经达到；三是严把中常委关，亲蒋的中常委中有12人被换掉，中常会完成自第七次代表大会以来规模最大的一次改组。
第十三次代表大会的“本土化”趋势十分明显，首次由本省籍人担任党主席，首次在中常委中本省籍成员超过半数，首次中央委员中本省籍成员超过1／3。“本土化”始于蒋经国上任之初，当时是为了缓和已经相当激烈的省籍矛盾。李登辉的“本土化”，是把国民党视为“外来政权”，必须以本土势力取而代之，巩固权力基础，为推行“两岸分裂分治”、建立“台湾中华民国体制”做准备。
第十三次代表大会后，李登辉在党内的领导地位得到巩固，他开始全方位、多层次打压党内的所谓非主流派（亲蒋派）势力，国民党内从此不得安宁。他首先是打破“接班四人帮”。第十三次代表大会开完，配合中央党部换届，李登辉在7月20日完成改组“行政院”，“行政院长”由俞国华留任。李登辉的用意非常明确，利用不强势的俞国华的“空头院长”以减少对“总统”权力的牵制，把“内阁”成员尽可能换成亲李派，一是实现对“内阁”的控制；二是向“本土化”转化。
李登辉在顺利主导中央党部换届和“行政院”改组后，认为逐渐清除亲蒋派的时机已经成熟。第一个削权对象，是俞国华。俞国华不得不于1989年5月17日向李登辉提出辞职。5月26日，李登辉顺水推舟，提名国民党中央党部秘书长李焕继任“行政院长”。5月31日，国民党方面宣布李焕“内阁”成立，6月1日，李焕转任“行政院长”。
李登辉更深的考虑是，在打压“接班四人帮”的同时，完成党政军系统的改造，扩大自己掌权的政治基础。如今，身为国民党主席的李登辉收回了李焕控制的党务系统，接替李焕“中央党部秘书长”职务的是宋楚瑜，宋楚瑜对党务系统进行了彻底改革，全面清除亲蒋势力，推行“本土化”。
被蒋经国当做“镇岛大将军”的郝柏村，已成为李登辉不得不防的人物。郝柏村于1981年12月调任“参谋总长”，1986年3月进入国民党中常会，成为中常会中唯一的职业军人。按照岛内军界的规定，“参谋总长”任期2年，可郝柏村竟然连任4届8年。在蒋经国去世后，蒋家成员、特别是宋美龄女士对郝柏村分外信任，来往甚多，颇有把郝柏村当成减缓“非蒋化”进程保护神的涵义。
1989年11月22日，郝柏村的“参谋总长”任期再次到期，李登辉利用国民党中常会的名义决定郝柏村出任“国防部长”，遗缺由“空军总司令”陈龄接任。正在东南亚访问的郝柏村，接到此消息时，只有无可奈何。李登辉用调虎离山、明升暗降法，把郝柏村从具有调动、指挥军队权力的最高军令长官“参谋总长”的职位上拉了下来。
与掌握党务系统、主导“行政院”改组相比，李登辉削除郝柏村兵权更有特殊意义，这为李登辉在军中推行“本土化”，在中高级将领中实施“大换血”，推行以彻底改造“军队蒋家化”为目标的“十年建军计划”提供了前提。
李登辉清理异己、巩固权力的行为，激化了党内矛盾。1990年2月21日，又是国民党临时中央全会提名新一届正、副“总统”的日子。“总统”换届，成为亲蒋势力反扑的极好时机。但李登辉通过各种手段，成功地击败了林洋港、陈履安、蒋纬国等人的挑战，1990年3月21日，李登辉、李元簇（原“总统府秘书长”）在“总统”、“副总统”选举中分别以高票当选。这是台湾在结束蒋氏父子“强人政治”后第一次“总统”选举。李登辉在“国民代表大会”间接选举投票中高票当选，标志着大陆籍“法统”势力主政时代的结束，以李登辉为首的“本省台独”势力主政时代的正式确立。
李登辉当选“总统”后，立即改组任期还不到一年的“李焕内阁”。原因很简单，那就是要李焕退出政治中心。但李登辉见非主流派反对情绪过强，只有利用非主流派来打击非主流派这一用过多次但十分有效的手法，便接受元老陈立夫提议，任命内心极为反感的郝柏村出任“行政院长”。
1990年5月2日，国民党中常会例会上通过郝柏村出任“行政院长”的提名。人们马上从李登辉的决策中觉察到了他的用意：堵住非主流人士的嘴，拔出眼中钉李焕，封杀林洋港，可谓是一石三鸟之计。他在5月20日宣誓就职时，提名郝柏村为“行政院长”。李焕从此离开决策中心，开始过起“政坛闲人”的日子。“接班四人帮”基本被打破。
郝柏村上台后，针对社会治安持续恶化、民众普遍感到不安和恐惧的情况，实施铁腕统治。一时间，治安状况有所改善，“台独”气焰有所收敛。但是，对于“接班四人帮”中的最后一位成员郝柏村，李登辉还是要彻底清除。1991年8月以后，因为李登辉不让郝柏村参加军事简报会议，两人发生矛盾。1992年3月，两人终于在关于“修宪”中的“总统选举”问题上，是用民进党主张的“直选方式”、还是用国民党主张的“委任投票直选方式”问题发生严重对立。李登辉站在民进党的意见一边，郝柏村站在国民党意见一边。同年12月，李登辉又准备把“阁员”、“国防部长”陈履安调任“监察院长”，直到3星期后才由“总统府秘书长”蒋彦士通知郝柏村，激怒了郝柏村。至此，双方对立已经很深。1月18日至1月28日，李登辉和郝柏村10天见面3次，屡屡正面交锋，逼郝柏村下台，郝柏村当面抵制。
然而，李登辉运用手中的大权，结合民进党势力，还是击败了“军事强人”郝柏村。1993年元月29日晚，一败涂地的郝柏村只得发表辞职声明。2月4日，郝柏村率“内阁”总辞，同时出任国民党“中央政策小组召集人”。2月10日，国民党中常会通过了连战出任“行政院长”的决议，连战在李登辉5年间主导的第四次“内阁”改组中成为新的“阁揆”。
郝柏村的下台，是李登辉策划、推行的“非蒋化运动”的结果，是非主流派的重大挫折。自此，非主流派全面退出国民党决策圈，国民党内失去了有效制约“国民党台湾化”、“李登辉独裁化”的力量，失去了避免国民党在“两个中国”、“一中一台”路上越滑越远的刹车功能。此后，李登辉利用国民党，放手推行“本土化”和“台独”政策，也埋下了日后国民党失去政权的重要根源。
实行“本土化”
李登辉的目标，是要推进“本土化”，全面肃清非主流派。为此，他首先要防止在党内还有影响力、也是本省籍、并得到非主流派大佬支持的林洋港出任“行政院长”。2月9日，时任“司法院长”的林洋港被请到“总统府”，李登辉在告知已让连战出任“行政院长”的决定后，随便说了句：“反正你是要选（下一届‘总统’）的嘛！”就把林排除出局。这是因为早在1990年3月，李登辉公开表示如果他当选将“放弃连任”下届“总统”，林洋港当仁不让，宣称要在6年后参选。
赶走郝柏村、摆平林洋港，连战出台的阻力基本清除。连战出自政治世家，祖父连横有大作《台湾通史》存史，父亲连震东曾活跃台湾政坛40年。连战是留美政治学博士，32岁出任台湾大学政治系教授兼政治系主任，34岁当选为“十大杰出青年”，42岁出任中央党部副秘书长、“青辅会主任”，以后任过“交通部长”、“行政院副院长”、“外交部长”，作为蒋经国一手提拔的“青年才俊”，与沈君山、钱复、陈履安一起被称为“政坛四公子”。
1993年2月23日，连战任“行政院长”的提案在“立法院”通过，3月1日新“内阁”正式就职。此次“内阁”调整，完全由李登辉操盘，连战只不过是李登辉的一个“执行长”而已。
“连战内阁”的成立，标志着行政当局完成“本土化”。此波高层人事调整后，“五院”中唯有“监察院长”陈履安是大陆籍，“行政”、“立法”、“司法”、“考试”“四院院长”连战、刘松藩、林洋港、邱创焕全部为台籍人士。连战成为国民党逃到台湾40余年来第一位台籍“行政院长”，这样国民党主席和“总统”为同一人，国民党中央党部秘书长、“行政院长”已经全由台籍人士出任。尽管在本届“内阁”中，外省籍仍占20人，本省籍占17人，但从重要“部会”大多由本省籍掌握的情况看，标志着大陆籍势力与本土势力的力量消长对比发生了根本性的逆转和变化，台籍本土势力全面执掌台湾政权的新时期来临。
政府系统“本土化”的完成，导致非主流派退出了行政系统，但不等于双方就此停止政治斗争。1993年8月，国民党要召开第十四次代表大会，两派都不会放过此次进行较量的最佳时机。会议筹备过程中发生两大激烈争论，一是关于“扩大当然党代表案”，二是关于“国民党党章修改案”，并且在第十四次代表大会的召开过程中激烈交锋。
1993年8月16日到22日，国民党第十四次代表大会在台北召开。此次会议是在“宪政改革”实施3年、政党政治不断完善的情况下，在国民党面临分裂的危机中召开的。会议对国民党党章进行了重大修改，把国民党的属性由“革命政党”改为“具有革命精神的民主政党”，规定党代表任期4年，“全代会”每2年举行一次，增设副主席，“当然党代表”法制化，主席实行票选和任期制。会议选举李登辉为主席；同意他提名的“副总统”李元簇、“总统府资政”郝柏村、“司法院长”林洋港、“行政院长”连战为副主席。8月22日，大会举行闭幕式。
第十四次代表大会开得并不平稳，整个过程暗潮汹涌、变幻莫测。第十四次代表大会的召开，标志着“后蒋经国时期”全面结束，国民党内成功地实现了权力决策阶层的替换；标志着非主流派已失去在党内大规模抗争的实力；标志着国民党“本土化”基本完成。在李登辉看来，从组织、人事上，他已经对“外来政权”国民党进行了初步整顿。从此，李登辉公开纵容“台独”势力，与民进党同流合污，公然鼓吹“两国论”、“一边一国论”，在分裂中国的道路上越走越远，最终导致国民党在2000台湾地区领导人的选举中惨败，失去了在台湾地区执掌51年的政权，使国民党这个有着近百年历史的“老店”陷入崩溃的边缘。